정부에서는 “중증환자 및 아동에 대한 건강투자 확대” 방안 중 미래 성장 동력을 위하여 인적자본에 대한 건강투자 강화로 건강보험재정에 의한 영유아 건강검진을 도입하였으며 특히, 어린이·청소년의 성장발달 지연은 조기 관여와 조기치료에 의해 최소화될 수 있으므로 질병의 조기발견을 위한영유아 건강검진을 도입하였으며, 특히 어린이·청소년의 성장발달 지연은 조기 관여와 조기치료에 의해 최소화될 수 있으므로 질병의 조기발견을 위한 체계적인 선별검사 프로그램 도입을 적극 추진 하게 되며 국가 미래를 담당할 영유아 및 어린이를 대상으로 시행되는 질병예방 중심의 건강검진사업으로, 쉽게 접할 수 있는 1차 의료기관을 주된 검진 기관으로 선정하여 국민 다수의 접근성을 높였이고 영유아는 생애가 가장 빠른 성장과 발달을 보이는 시기로 이때의 질환이나 사고는 오랜 기간 영향을 미치기 때문에 예방과 조기 진단이 중요하다. 또한, 이 시기에 형성된 식생활 습관 등은 평생 고쳐지기 어럽기 때문에 건강한 생활 습관 교육이 무엇보다 중요하다고 생각 된다.
영유아 및 어린이 건강 검진은 기존의 검사 위주의 검진에서 탈피하여, 문진, 진찰, 상담 및 평가로 구성되어 있고 어린이는 급속한 성장발달 하기 때문에 5회의 일반검진과 2회의 구강 검진으로 구성되며 출생 후 4개월부터 5세(60개월)까지 총7회(구강검진 2회 포함) 건강검진 실시로 질병치료 중심에서 질병 예방을 강조하는 방향으로 확대되는 국가 보건복지 정잭의 특성을 알 수 있으며 일반 성인병건강검진으로는 국민소득이 증가함에 따라 건강한 삶에 대한 국민들의 용구가 높아가고 있다.
노인인구의 증가, 복잡한 도시생활 등에서 오는 스트레스와 불건전한 생활습관 등으로 인한 고혈압 · 당뇨 등의 만성질환과 암 등 질병구조가 다양화 · 만성화하면서 국민건강보험공단이 실시하는 건강검진(health screening)사업에 대한 관심도가 늘어난다.
200년 연세대학교 보건대학원이 심충 분석한 연구결과 건강보험공단의 건강검진을 받지 않은 미수검자들이 검진을 정기적으로 받고 있는 수검자들에 비해 당뇨병 발생율이 32%나 높았다. 진료비도 2배 이상 지출한 것으로 나타나 조기진단이나 예방 및 관리의 중요성이 확인되고 있다.
 공단의 검진은 자각증상이 없는 건강한 성인을 대상으로 질병 의심 자를 선별해 내는 집단선별검사다. 발생빈도가 높거나 조기 발견함으로써 이환율이나 사망률을 감소시킬 수 있는 질병을 대상으로 하여 질병의조기발견, 조기치료를 목적으로 운영되고 있다. 또한 연령에 상관없이 일률적으로 하던 건강검진은 올해부터는 연령별 의학적 특성에 부합하는 맞춤형 진단으로 영유아 진단 및 40세(1967년생), 만66세(1941년생)를 대상으로 생애전환기연령을 설정하고 있다. 만 40세는 진찰 및 상담, 우울증정신건강진단(문진으로측정)외 검진 진단의학검사, B형 간염검사(해당자), 흉부방사선검사, 암 검진 등을 하며, 만66세는 이외에도 골밀도검사(여성에 한함), 치매진단, 노인기능평가 등이 추가되어 해당 연령에서 반드시 확인해 보아야하는 질환의 건강검진을 ?춤형으로 실시하고 있다. 1차 건강진단의 검사결과 및 문진내용을 토대로 2차사후상담, 건강위험평가 및 식생활습관검사, 정신건강검사가 선택적으로 하게 된다. 검진비용은 분인부담 없이 전액 공단에서 지급하며, 12월31일까지 공단에서 개인에게 발송한 검진표에 표기된 검진기관을 본인이 선정하면 된다. 흔히 값비싼 검진이 정확한 질환을 찾아낼 수 있다는 잘못된 인식을 개선하기 위해 그동안 공단에서는 검진의 질적 수준 향상을 위해 공단의 건강검진을 하는 검진기관을 대상으로 진단의학검사 정도관리실태 파악, 수검자 만족도조사 등을 주기적으로 실시하였다. 검진결과의 질적 향상으로 질병을 조기 발견치 못하여 치료시기를 놓치는 사례가 발생하지 않도록 제도적 보완장치을 마련한 것이다. 또한 실질적 치료대상자에게 건강상태에 대한 사후관리가 미진한 사실을 착안하여 검진결과에 따라 건강주의자, 질환의심자, 유질환자로 구분하여 결과에 맞는 건강관리 책자의 우편송부를 하고 있다.
우리나라에서 가장 많이 발생하는 위암, 유방암, 대장암, 자궁경부암 등 5대 암 검진사업도 실행하고 있다. 암검진은 성별, 연령, 소득 등에 따라 비용부담과 적용이 다르므로 확인이 필요하다. 국민증진기금의 부담으로 실시한 건강보험가입자 중 국가 암검진 대상자 및 의료급여 수급자가 검진결과 암으로 판정될 경우 암 종류에 따라 1인당 연간 최대 300만원까지 해당 보건소에서 심사 후 치료비를 지원 받을 수 있다. 공단은 2005년9월1일부터 암 등 중증질환자 등록사업을 통하여 진료결과 암으로 판정되면 암 환자 등록을 하여 법정본인부담금을 기존 20%에서 1